進入宙斯盾總部，瑪雅的夢境、蒙面人的目的等等劇情都將會迎來新的推進，在這裡玩家也會遇到很多歷史服務部門的士兵，實力都很強大，下面為大家帶來宙斯盾總部的攻略。
舊日一瞥和地下停車場
“舊日一瞥”這張圖中，玩家會遇到歷史服務特工、臥底以及近戰型別的GOA機器人，其中特工敵人手持衝鋒槍集火的時候傷害很高，要注意走位和清理。打宙斯盾總部的時候最好有大範圍的聚怪和AOE技能，否則士兵們四散各地清起來會非常危險且麻煩。
這張圖的BOSS是之前玩家在夢境之中遇到過的怪物唐唐，它是瑪雅的寵物狗，至於為什麼瑪雅的寵物狗會在這裡阻攔你，後續的劇情中會說到。一開始玩家要把唐唐引到陽光底下，否則它會一直處於無敵狀態。破掉無敵以後，唐唐是很好對付的，只需要小心它的前撲就好。唐唐的前撲在地面上會有紅圈提示，但是這個紅圈不是完全準確的，唐唐前撲落地後還會往前突進一小段距離，因此不要躲在它的正面，否則站在紅圈外也有危險。
接著玩家要進入宙斯盾總部的“地下停車場”，這張圖裡就是純粹的士兵敵人了，玩家會遇到盾牌士兵和一種遠端的GOA機器人。盾牌士兵要記得用背後攻擊破盾，或者能夠讓他陷入無力化的技能也是可以的，比如擊飛。這張圖的BOSS是一級特工瑪爾塔，難度不高，但是她會呼叫很多士兵群毆你，要注意清場。
辦公休息室和野心重荷
“辦公休息室”這張圖一上來玩家會遇到大量的盾牌兵，沒有範圍無力化技能的玩家會比較頭疼，需要慢慢地磨，建議進圖之前裝一個。接下來會有各種機器人敵人，最麻煩的是GOA013，這種自爆機器人有超級護甲，本身血量也很高，建議還是走位躲開自爆，不過如果傷害夠高是可以直接清掉的。這張圖的BOSS是機器人GOA020，這個機器人近戰的電鋸和遠端的機槍都有，不過也僅止於此，多一下近戰最後一下轉圈攻擊，然後無腦繞背就好。而且作為大型機器人，這個BOSS沒有超級護甲，可以很容易打進無力化狀態，傷害夠高兩套技能就秒掉了。
“野心重荷”這張圖主要起到劇情過渡的作用，玩家要前往封印了許多宙斯盾石的實驗室，但是來到這裡發現已經有許多大洋人存在了。在路途上玩家會從總理大臣拉夫卡的口中得知王子貝倫曾經擁有過宙斯盾石，因為海王族對他們族群的威脅，貝倫需要更強大的力量。但是在吸收了過多宙斯盾石之後他開始發狂並打傷了周圍的人。這張圖的最終BOSS是戴面具的拉夫卡，和原版沒有區別，之前已經打過了這裡不再提。
封印之石
找到貝倫的訊號以後，玩家前往“封印之石”擊敗貝倫王子。這張圖玩家會接到一個限時通關的任務，時間非常緊迫只有1分40秒，建議玩家開冒險難度用最快速度通關，應該有一定機會完成。
這張地圖除了常規的GOA系列機器人以外，還會有很多大洋人士兵。這些大洋人士兵隨著貝倫吸收過多的宙斯盾石也覺醒了新的能力，投矛手會有雷電能力的附加，精英怪梅爾託也會附帶一道裂解射線和投擲雷球的能力。裂解射線的傷害非常高，線本身也很長，要注意躲避。另外還要小心雷球的麻痺效果。
BOSS戰貝倫的招式沒有變化，但是他多出兩種附帶的能力，他身上掛著一黑一藍兩種能量球，黑色的會在地圖上產生黑洞，玩家在黑洞附近會不斷被吸附到洞中心，要閃避躲開。藍色的能量球會產生波濤，波濤範圍很大，直線運動，沒有傷害，但是會讓玩家不斷被擊退。
意外援助和幽靈
後續的“意外援助”這張圖中，尼古拉莫名其妙地逃了出來，玩家需要擊敗他，招式上他沒有任何變化。對於低階的玩家來說尼古拉比較棘手，但是等級高了以後這個敵人就很容易對付了。這張圖最有價值的地方在於尼古拉為玩家帶來了升級7階的最後一件境界裝備。
劇情在這張圖中有了巨大的推進。擊敗了尼古拉之後，很久沒有露面的獵頭者再一次出現，之前瑪雅詭異的夢境以及後續的一系列事情都有著他們的參與。他們的目的是想要發動一個龐大的計劃，就連獵頭者機械都一直潛伏在大本營之中等待時機。
前一個地圖中，我們從奧利津口中得知，面具又製造了新的幽靈，在“幽靈”這張地圖裡玩家會遇到他們，普通的敵人是一些蒙面的亡命徒，還是和以前一樣先清理暴君。這次亡命徒會多次重新整理，要小心。在這張圖裡，來自未來的湯普森會與你並肩作戰，最重要的是解決兩個幽靈，分別是戴面具的尼古拉和戴面具的湯普森。尼古拉剛剛才打過，湯普森的技能也沒有變化，在之前大本營的副本里玩家戰鬥過，這次有原版的湯普森一起跟她周旋，會容易很多。
通關這個副本以後，玩家會從湯普森口中得知一些來自未來的資訊，包括納吉爾法軍團、第三世界的入侵者等，這些都是玩家在後續的副本之中要面對的敵人。但是眼前最重要的還是繼續深入宙斯盾總部，找到瑪雅的鏡子。
鏡中少女
“鏡中少女”這張圖的地形和玩家之前在大本營中的“大家的夢：第一天”是一模一樣的，怪物也都是蒙面的大洋人以及他們的那些生物兵器。難度不高，最終BOSS是一系列蒙面者事件的罪魁禍首——瑪斯柯蕾德。瑪斯柯蕾德非常擅長使用面具，他有兩招比較需要注意。
1、地上的紅圈，會出現面具能量的衝擊，會有連續兩個紅圈。而且在能量衝擊之後，紅圈還會向四周隨機濺落一些新的能量團，同樣會造成傷害，所以要躲遠一點。
2、瑪斯柯蕾德會召喚出四個面具圍繞在玩家四周，然後面具之間會射出十字形的能量衝擊，注意躲到沒有能量衝擊的方向，要躲快一點。
除此以外瑪斯柯蕾德還會不斷召喚蒙面的士兵，難度不高，用AOE清場就好。
擊敗瑪斯柯蕾德以後，我們會發現他其實是瑪雅的守護者。而我們拿回來的鏡子，實際上已經被獵頭者控制了。獵頭者們一方面讓機械在大本營開啟第三世界的龜裂空間，另一方面通過鏡子掌控瑪雅的身體。而且就在這個時候納吉爾法軍團開始入侵歷史服務總部的大本營了。接下來就是抵抗入侵的時刻。
