第二章：危机四伏
本章的人物关系将会有较大的变化，玩家的行为将决定后续人物事件的发展，不过依旧不影响到结局分支。
哈利奎琳、贝恩、冰冻人将在本章登场。
在船上，沃勒已经知道了蝙蝠侠是韦恩的身份，并让蝙蝠侠与其合作调查谜语人的团伙。
这里依旧会选择支持戈登还是沃勒，两人的斗争喋喋不休。
蝙蝠侠来到警察局军火库，发现军火库正被一群暴徒洗劫，在这里可以救下一名机修工，他会在等会战斗中帮助玩家。
随后遇到了贝恩，一番打斗后贝恩使用了强化剂，将蝙蝠侠打伤，危急关头机修工帮了一把，但还是被废墟压住，随后贝恩及暴徒离开。
在一段时间清醒后，蝙蝠侠醒了过来，这里可以选择戈登或者沃勒前来救助，选哪个都会让被另一人留下不好印象。
在戈登/沃勒赶到后，会对蝙蝠侠有个好印象，随后到达现场的沃勒手下女探员还会有对话影响到她对蝙蝠侠的看法。
受伤的蝙蝠侠回到蝙蝠洞治疗并调查导致谜语人死亡的毒针，这里与阿福的对话会改变阿福对玩家的印象。
通过调查发现了冰冻人和哈利奎琳的消息，一番讨论下韦恩决定通过约翰来渗入这个团伙进行调查。
