武士剧情
3-1 职责
武士的皇城正遭到维京人的掠夺，黑石军团也来到了这里。玩家这次扮演的是一名大蛇，是天皇手下最强的武士，但之前因言语不当被天皇投入监狱。如今皇城被攻破，大蛇的朋友亚由(一名剑圣)，也是天皇治下的一名大名，以及大熊(守护鬼)、红叶(野武士)，将大蛇释放了出来。亚由认为皇城已破，需要离开，但大蛇却表示要抵抗入侵者，保护自己的人民。
经过一番战斗，他们利用毒蘑菇作为毒气陷阱，击退了入侵者。但是此时天皇已经被亚玻伦带领的黑石军团杀死，包括亚由在内的六名大名也被亚玻伦抓获。
亚玻伦挨个询问他们：“天皇死了，你敢继承他的位置吗?”第一名大名(守护鬼)表示忠于天皇，不会做出这种事，于是被亚玻伦当场杀死。
第二名大名(清十郎，大蛇)表现凶狠，试图攻击亚玻伦，但凶狠好斗恰好是亚玻伦寻找的品质，于是亚玻伦命令清十郎住进皇居之中。剩下包括亚由在内的四人，则被赶入迈尔的沼泽。
3-2 适者生存
大名们被赶入沼泽的不同地方，亚玻伦对他们展开了考验。本章节玩家扮演亚由，一名剑圣，同时也是大名之一。
亚由展开了行动，逐一击杀了其他三名大名。之后，她被三名大名的手下包围，亚由晓之以理，指出亚玻伦才是武士们的敌人，亚玻伦试图让武士们自相残杀，我们应当团结起来共同对抗黑石军团。在亚由的劝说下，各个派别的武士们放下了隔阂，团结了起来，武士们的内战在几天之内就结束了。
3-3 收拾残局
武士们的内战结束得太快，以至于维京掠夺者还没来得及离开。玩家扮演的大蛇与亚由会合后，开始了对维京人的进攻。
但是，当他们杀死留在岸上的维京人时，突袭者、史堤冈德、露娜等人已经坐船离开，并在船上对大蛇一行人放肆地大笑。
大蛇试图叫弓箭手放箭，但亚由阻止了，她认为目前最重要的问题是进攻清十郎，夺回皇城，才能集结武士进攻黑石军团。
3-4 统一
亚由等人来到了皇居，但是大门紧闭，清十郎固守不出。玩家扮演的大蛇与红叶两人潜入皇居内部，与清十郎的武士展开厮杀。击杀了武士后，仍然无法打开大门。
此时二人发现天皇饲养的大象仍在城中，于是吸引大象注意力，使大象撞击城门吊盘，最终打开城门，武士们攻入皇居找到了清十郎。
清十郎认出大蛇就是天皇手下第一武士后与大蛇决斗，最终不敌。但大蛇并没有杀死清十郎。大蛇认为造成这种情况的罪魁祸首并不是清十郎而是亚玻伦，他们应当团结起来对抗黑石军团。清十郎最终同意与大蛇一行人合作。
3-5 荣耀
武士们进攻黑石堡垒之前，大蛇与红叶来到沿途进行侦查。在大教堂遗迹，他们认出了看守者、霍顿、史东和梅西等人，但他们正在把画着黑石军团标志的装备堆到一起，还在商量什么。大蛇和红叶认为他们也许在密谋率领钢铁军团叛变。此时二人被骑士们发现，红叶腿部中箭，大蛇护送她逃走，自己却被骑士打晕。
大蛇醒来后发现被看守者一行人包围。看守者向大蛇表示友好并将大蛇的刀交还。大蛇拿到刀之后仍不相信看守者是友善的，与看守者决斗。
大蛇打败了看守者之后，看守者的同伴们并没有攻击大蛇。看守者再次表示友好，并为大蛇让出了通往黑石堡垒的路，并且祝大蛇好运。
3-6 亚玻伦
武士们终于进攻到了黑石堡垒，并且发现钢铁军团的骑士们也在与黑石军团战斗。大蛇冲进堡垒与亚玻伦多次对战，亚玻伦且战且退，二人终于来到了城墙上进行最后的对决。
最终大蛇打倒了亚玻伦，并说“我们即将迎来和平”。亚玻伦却说这一切都没有结束。武士们和骑士们带着部队来到黑石堡垒，维京掠夺者在整个大陆肆虐，你认为这会带来和平吗?
原来亚玻伦想要的一切就是战争，亚玻伦并不偏向任何势力，她只是想要挑起三方的战争，想要这片大陆上最凶悍的战士们都参与到其中。
亚玻伦把自己的剑丢下城墙，城墙下武士和骑士正在对峙，接着发起冲锋。两方的指挥官试图制止自己的部下但是都无能为力。维京人也来到了黑石堡垒附近。
亚玻伦说完之后就死去了，但是三大势力的战争也从此揭开了序幕。
武士阵营剧情到此结束。
在片尾剧情动画中，七年后霍顿、亚由和史堤冈德三方来到一起讲述自己的故事，最终亚由提议和平仍然好过战争，霍顿和史堤冈德也表示了对和平的期望。我们不知道后面会发生什么，这片大陆上还会继续如同亚玻伦希望的那样战火肆虐吗?还是说三大势力即将迎来和平呢?剩下的故事，只能让玩家在厮杀之余自己去想象了。
